Das europäische Schutzgebietssystem Natura 2000 hat das Ziel, die biologische Vielfalt in Europa zu erhalten. FFH-Richtlinie Mit der FFH-Richtlinie (Fauna = Tierwelt, Flora = Pflanzenwelt, Habitat = Lebensraum) beschloss die Europäische Union 1992 den Aufbau eines Netzes von natürlichen und naturnahen Lebensräumen und von Vorkommen gefährdeter Tier- und Pflanzenarten. Damit soll das europäische Naturerbe für kommende Generationen bewahrt werden. Inzwischen wurden europaweit Lebensräume ausgewiesen und miteinander verknüpft. Sie bilden zusammen mit den Gebieten der EU-Vogelschutzrichtlinie von 1979 das Schutzgebietssystem Natura 2000. Um die Qualität der Lebensräume und ihre Arten dauerhaft zu bewahren, ist der Zustand der Natura 2000-Gebiete zu erhalten bzw. zu verbessern.

Natura 2000 in Baden-Württemberg
In Deutschland wurden 4596 Natura 2000-Gebiete ausgewiesen. Auf Baden-Württemberg entfallen rund 260 Gebiete, die zusammen rund 12 % der Landesfläche ausmachen. Unter den Natura 2000-Gebieten befinden sich auch zahlreiche Fels- und Klettergebiete. Der Schaufelsen befindet sich Natura 2000-Gebiet "Oberes Donautal zwischen Beuron und Sigmaringen".

 
Vegetationskomplex am Schaufelsen (l), Donautal(r)

Natura 2000-Gebiet "Oberes Donautal"
Das Natura 2000-Gebiet "Oberes Donautal zwischen Beuron und Sigmaringen" (Nr. 7920-342 und 7820-401) befindet sich im Naturraum Schwäbische Alb und hat eine Gesamtfläche von 2700 Hektar. Insgesamt kommen 14 FFH-Lebensraumtypen und 7 Tier- und Pflanzenarten nach Anhang II der FFH-Richtlinie im Gebiet vor.

FFH-Lebensraumtypen im Gebiet Schaufelsen
Im Projektgebiet Schaufelsen befinden sich 8 FFH-Lebensraumtypen, davon gehören 3 zu den prioritären Lebensraumtypen.

- Kalk-Pionierrasen (FFH-Code 6110, prioritärer Lebensraum)
- Kalk-Magerrasen (FFH-Code 6210, prioritärer Lebensraum)
- Kalk-Schutthalden (FFH-Code 8160)
- Kalkfelsen mit Felsspaltenvegetation (FFH-Code 8210)
- Höhlen (FFH-Code 8310)
- Waldmeister-Buchenwald (FFH-Code 9130)
- Kalk-Buchenwald (FFH-Code 9150)
- Schlucht- und Hangmischwälder (FFH-Code 9180, prioritärer Lebensraum)

FFH-Tierarten im Gebiet Schaufelsen
Im Projektgebiet Schaufelsen sind folgende Tierarten nach Anhang II der FFH-Richtlinie bzw. nach Anhang I der Vogelschutzrichtlinie nachgewiesen:

- Alpenbock (Rosalia alpina)
- Wanderfalke (Falco peregrinus)
- Uhu (Bubo bubo)